Costfunctions

Ich fand es etwas seltsam, dass die OperationRater ihre eigenen AlignmentGeneratoren haben. Das öffnet finde ich die "Falle", dass Multi-Alignments in ihrere AlignmentTable andere Generatoren nutzen als die Haupt-Tabelle. Ich habe es jetzt so umgebaut, dass die Rater nur noch fertig Alignments zur Bewertung bekommen und die Alignments von der Haupt-Tabelle jeweils berechnet werden. Die Tabelle verwaltet selbst auch ihre internen AlignmentTables (die Kopien von sich selbst sind nur mit lookback == 1. Könntest du mal drüber gucken ob das so in Ordnung ist oder ob ich irgendwas von deinen Gedanken beim Programmieren damit kaputt gemacht habe?